Λεπτομερή εισαγωγή

Για να επιτευχθεί το καλύτερο αποτέλεσμα παραγωγής αντισωμάτων, είναι απαραίτητο να σχεδιαστεί προσεκτικά το πολυπεπτίδιο αντιγόνου, και ο σχεδιασμός πρέπει να πληροί μια βασική προϋπόθεση: κατά τη διαδικασία ανοσοποίησης,το αντιγόνο δεν θα προκαλέσει υπερβολική ανοσολογική απόκριση, και ταυτόχρονα μπορεί να παράγει αντισώματα που συνδέονται με την ενδιαφερόμενη πρωτεΐνη.

Συνήθως συνιστάται το μήκος της αλληλουχίας του αντιγενούς πολυπεπτιδίου να είναι μεταξύ 8-20 υπολειμμάτων αμινοξέων.υπάρχει κίνδυνος η ιδιαιτερότητα του πολυπεπτιδίου να μην είναι ισχυρή και η ικανότητα σύνδεσης μεταξύ του παραγόμενου αντισώματος και της εγγενούς πρωτεΐνης να μην είναι αρκετά ισχυρήΩστόσο, εάν το μήκος της αλληλουχίας υπερβαίνει τα 20, θα είναι δυνατόν να εισαχθεί δευτερεύουσα δομή και το προκύπτον αντισώμα μπορεί να χάσει την ιδιαιτερότητά του, και όσο μεγαλύτερη είναι η αλυσίδα πεπτιδίων, τόσο μεγαλύτερη είναι η ιδιαιτερότητα του αντισώματος.Όσο πιο δύσκολο είναι να συνθέσειΜε χρόνια πλούσιας εμπειρίας στη σύνθεση δύσκολων πεπτιδίων,Το πεπτίδιο KS-V μπορεί αποτελεσματικά και γρήγορα να παρέχει τελικά πεπτίδια αντιγόνου υψηλής καθαρότητας για να βοηθήσει την έρευνα και την ανάπτυξη σας.

Εφαρμογές

Παρόλο που τα περισσότερα σύντομα, γραμμικά πεπτιδικά θραύσματα πρωτεϊνών δεν είναι δομημένα σε υδατικό διάλυμα,έχει αποδειχθεί ότι ορισμένα ανοσογενή και αντιγενή πεπτίδια έχουν διαμορφωτικές προτιμήσεις για δομημένες μορφέςΧρησιμοποιώντας κυρίως τη φασματοσκόπηση NMR και CD, ήταν δυνατόν να ανιχνευθούν και να ποσοτικοποιηθούν αρκετά μικροί πληθυσμοί βήτα-στροφής, ελικοειδών και αναδυόμενων ελικοειδών σχηματισμών.Πρόσφατες μελέτες έχουν δημοσιευθεί που δείχνουν ότι η παρουσία δομημένων μορφών συσχετίζεται με την τοποθεσία των επιτόπων των Τ κυττάρων και/ή των Β κυττάρων στις αλληλουχίες πεπτιδίωνΟι κρυσταλλικές δομές των συμπλεγμάτων μεταξύ των πεπτιδίων και των αντιπεπτιδικών αντισωμάτων στις ακτίνες Χ δείχνουν συχνά τα πεπτίδια να δεσμεύονται σε σχηματισμούς βήτα-στροφής,και η παρουσία έλικας σε ένα συμπλέγμα αντισωμάτων-πεπτιδίων έχει αποδειχθεί από τη φασματοσκόπηση NMR. Studies of peptides free in solution and bound to anti-peptide antibodies in the crystal indicate that the structure of the principal neutralizing determinant of HIV-1 probably includes at least one beta-turn in a highly conserved regionΤα αποτελέσματα αυτά μπορούν ενδεχομένως να χρησιμοποιηθούν στον σχεδιασμό εμβολίων με βάση τα πεπτίδια.

Πλεονεκτήματα της χρήσης αντιγόνων πεπτιδίων

Πρώτα απ' όλα, τα αντιγόνα πεπτιδίων προσφέρουν μια έξυπνη λύση για την παραγωγή αντισωμάτων σε περιπτώσεις όπου είναι γνωστή η αμινοξέα αλληλουχία της πρωτεΐνης-στόχου, αλλά η ίδια η πρωτεΐνη δεν είναι διαθέσιμη,ή πολύ περίπλοκη δομικά για να ληφθεί ως δομικά σταθερή και άθικτη πρωτεΐνη (eΟρισμένοι διαμεμβρανικοί υποδοχείς, κανάλια ιόντων κλπ.η προσέγγιση του ανοσογόνου πεπτιδίου προσφέρει ευελιξία στην επιλογή και το σχεδιασμό αντιγόνων για το πεδίο της πρωτεΐνης-στόχου ως πρόσθετο πλεονέκτημαΤα αντιγόνα πεπτιδίων είναι επίσης πολύ χρήσιμα για τη δημιουργία αντισωμάτων κατά των μεταφραστικά τροποποιημένων τόπων δέσμευσης στις πρωτεΐνες-στόχους.

Άλλα πλεονεκτήματα είναι:

• Το επιτόπιο είναι ξεκάθαρο από την αρχή.
• Η αλληλουχία πρωτεΐνης είναι το μόνο που χρειάζεται.
• πολύ μικρότερη πιθανότητα διασταυρούμενης αντιδραστικότητας
• το αντιγόνο είναι πλήρως συνθετικό, πράγμα που είναι οικονομικά αποδοτικό με συνήθως πολύ σύντομο χρόνο παροχής

Στρατηγικές σχεδιασμού αντιγόνων πεπτιδίων

Παρόλο που πολλές αλληλουχίες πεπτιδίων μπορούν να είναι ανοσογενείς, δεν είναι όλες εξίσου αποτελεσματικές στη δημιουργία αντισωμάτων με αντιδραστικότητα κατά της πρωτεΐνης-στόχου.Η επιτυχής παραγωγή αντισωμάτων με αντιγόνα πεπτιδίων εξαρτάται από διάφορους παράγοντες που πρέπει να ληφθούν υπόψη κατά το σχεδιασμό, συμπεριλαμβανομένων:

την ακρίβεια της αμινοξέων αλληλουχίας της πρωτεΐνης-στόχου
η προβλεπόμενη 2α / 3α δομή της άθικτης πρωτεΐνης
την επιλογή των τομέων/περιοχών της πρωτεΐνης που θα μιμηθούν από το αντιγόνο πεπτιδίου
η ανάγκη σύζευξης αντιγόνων πεπτιδίων σε μεγαλύτερη πρωτεΐνη φορέα
η ευκολία σύνθεσης ορισμένων ακολουθιών πεπτιδίων
Ως εκ τούτου, οι ακόλουθες γενικές συστάσεις ισχύουν για τον σχεδιασμό των αντιγόνων πεπτιδίων:

Βεβαιωθείτε ότι έχουν προσδιοριστεί τα σωστά είδη και η σωστή ακολουθία πρωτεϊνών.
Επιλέξτε το αντιγόνο πεπτιδίου από μια περιοχή προσβάσιμη με διαλύτη της πρωτεΐνης.Πρόκειται για περιοχές που εκτίθενται στην επιφάνεια της πρωτεΐνης και έρχονται σε επαφή με το υδατικό (υδροφιλικό) περιβάλλον του διαλύτηΟρισμένες περιοχές της πρωτεΐνης μπορεί να είναι απρόσιτες για τα αντισώματα, όπως οι περιοχές διαμεμβράνης ή το κέντρο μιας σφαιρικής πρωτεΐνης.

Ένα σημαντικό πλεονέκτημα είναι ότι τα αντιγόνα πεπτιδίων μπορούν να σχεδιαστούν για να καλύπτουν ένα συγκεκριμένο επιτόπιο ενδιαφέροντος.Ορισμένες περιοχές μπορεί να υπάρχουν και σε άλλες πρωτεΐνες∆εν είναι απαραίτητο να χρησιμοποιήσετε τα παραπάνω συστατικά για να μειώσετε την πιθανότητα ανεπιθύμητης διασταυρούμενης αντιδραστικότητας και να βελτιστοποιήσετε έτσι τη συνολική ειδικότητα των αντισωμάτων.Οι αλληλουχίες με ελάχιστη ομολογία αλληλουχίας επιλέγονται καλύτερα προκειμένου να μειωθεί η ανεπιθύμητη σύνδεση με πρωτεΐνες εκτός στόχου..

Ανάλογα με την τρισδιάστατη δομή του στοχευόμενου τομέα στην άθικτη πρωτεΐνη, μπορεί να απαιτηθούν τεχνικές περιορισμού για τη βέλτιστη μίμηση της τριτογενούς δομής του αντιγόνου.Ως ένας από τους ειδικούς στην μιμεία επιφάνειας πρωτεϊνών, το KS- V διαθέτει διάφορες (εν μέρει ιδιόκτητες) τεχνολογίες για το σχεδιασμό και τη σύνθεση αντιγόνων πεπτιδίων με περιορισμένο σχηματισμό.

Τα γονίδια είναι συχνά πολύ μικρά για να δημιουργήσουν σημαντική ανοσολογική απόκριση χωρίς προηγούμενη σύνδεση με πρωτεΐνη φορέα όπως KLH, BSA ή OVA.Συνεπώς, συνήθως συνιστάται η χρήση συνδυασμών πρωτεϊνών φορέα με πεπτίδιο ∆..

Σύνθεση αντιγόνων πεπτιδίων

Για τον σχεδιασμό των αντιγόνων των πεπτιδίων θα πρέπει επίσης να λαμβάνεται υπόψη η ευκολία σύνθεσης ειδικών ακολουθιών πεπτιδίων.και είναι ευνοϊκό για το πεπτίδιο να ενσωματώνει αμινοξέα που προάγουν την ανοσογεννητικότητα (όπως βασικά και αρωματικά αμινοξέα)Η περιεκτικότητα σε υδροφοβικά αμινοξέα θα πρέπει να διατηρείται καλύτερα κάτω από το 50% και κατά προτίμηση θα πρέπει επίσης να αποφεύγονται μακρές αλυσίδες υδροφοβικών υπολειμμάτων.τουλάχιστον ένα φορτισμένο κατάλοιπο (αργινίνη), γλουταμίνης, ασπαρτικού οξέος ή λυσίνης) πρέπει να ενσωματώνεται σε κάθε πέντε αμινοξέα.Η διαλυτότητα των πεπτιδίων μπορεί επίσης να βελτιωθεί μέσω συντηρητικών υποκατάστατων ή προσθήκης πολικών υπολειμμάτων στο N- ή C-όρο.Κατά τον σχεδιασμό των αντιγόνων, είναι προτιμότερο να αποφεύγονται πολύπλοκες περιοχές, όπως βήτα φύλλα ή άλφα ελικοειδή, αλλά αντίθετα να στοχεύονται σε ευέλικτες περιοχές.

Η KS-V εφαρμόζει τις τελευταίες της δυνατότητες και την εμπειρογνωμοσύνη για τη σύνθεση αντιγόνων πεπτιδίων, συμπεριλαμβανομένων (εάν απαιτείται) των διαμορφωτικών περιορισμών, των PTM ς, της συνδυασμού ή της βιοτινίωσης.Για τα περισσότερα προγράμματα παραγωγής αντισωμάτων συνιστάται καθαρότητα τουλάχιστον 85% για κάθε αντιγόνο πεπτιδίων.Ωστόσο, αν επιθυμείτε μπορούμε να παρέχουμε αντιγόνα με υψηλότερη καθαρότητα επίσης. Συνήθως συνθέτουμε περίπου 10 mg πεπτίδιο, το οποίο είναι συνήθως επαρκές για πρωτεϊνική σύνδεση,Ελέγχος ELISA και κατασκευή χρωματογραφίας μήτρας συγγένειας, εάν επιθυμηθεί.